La revista Undark publica una nova peça on un periodista expressa la seva preocupació perquè la gent vegi els seus propis resultats d’ADN: Des d’una ciència genètica incipient, un mercat tèrbol per a la predicció. És el tipus de coses habituals en què un periodista-expert instantani ens diu als lectors ignorants quines puntuacions poligèniques ens poden dir i, sobretot, no. Això és de la mateixa revista que va publicar un article d’èxit sobre Razib Khan el 2017, Raça, ciència i educació contínua de Razib Khan. Però d’acord, ja han passat 5 anys i els autors són diferents, així que no prenguem massa. D’altra banda, l’autor ho és un negre anomenat Ashley Smart que escriu una victimització negra bastant típica perquè els blocs racistes.
La peça tracta sobre el servei ara desaparegut impute.me que vaig cobrir el 2020 i és la nova empresa successora. El lloc era el millor de la ciutat pel que fa a on qualsevol podia carregar el seu genoma des de serveis de genòmica de consum semblant a 23andme de manera gratuïta i obtenir un conjunt més complet de prediccions genètiques (cents). Tu veus, La FDA va reprimir 23andme fent les seves pròpies prediccions, així que ara els jugadors comercials del camp tenen por d’esforçar-se massa. Això deixa estranyament un buit de mercat que les organitzacions sense ànim de lucre poden agafar, fins i tot si no poden guanyar diners amb això. L’investigador danès Lasse Folkersen va fer això i va dirigir impute.me durant 7 anys:
Abans d’unir-se a Nucleus, Folkersen va treballar com a expert en genètica al Centre Nacional de Genoma Danès, i abans com a científic en un hospital psiquiàtric amb seu a Copenhaguen. Durant les nits, va dirigir un lloc web anomenat Impute.me, on els usuaris podien carregar les seves dades genètiques en brut d’empreses com 23andMe o Ancestry i rebre puntuacions poligèniques per a qualsevol dels centenars de trets, calculats a partir de dades disponibles públicament de l’associació publicada a tot el genoma. estudis. El servei era gratuït, tot i que als usuaris que van donar cinc dòlars se’ls va prometre llocs al capdavant de la cua de processament. Tal com va recordar Folkersen en una entrevista a Undark, quan va començar el 2015, probablement el seu era un dels únics llocs del món on la gent podia obtenir puntuacions de risc poligènic. Calcula que durant els set anys que va dirigir el lloc, va processar uns 100.000 genomes únics.
I això és un conjunt de dades força gran! Malauradament, el projecte de mascotes de Folkersen ha estat assumit per una nova start-up que intentarà comercialitzar aquesta idea. Veurem com va això, però aquestes empreses són una dotzena de centaus i no sembla que tinguin molt èxit. Aquí teniu el preu de les accions de 23andme, per donar-vos la impressió:
Vull dir, va millor que Bitconnect, però t’has de preguntar quan sortiran del negoci, o potser la gran farmàcia els estalviarà amb una altra entrada d’efectiu.
A part d’això, aquest nou article no és tan llunyà pel que fa a la ciència. És cert que les puntuacions poligèniques actuals no generen informació útil. La genòmica personal és una variant de la medicina personalitzada, que és en gran mesura inútil per raons sobre les quals vaig escriure abans a principis d’aquest any. Suposem que voleu saber el vostre risc de patir diabetis tipus 2 i si hauríeu de prendre mesures. Podeu fer qualsevol de les diverses accions. Pots mirar-te al mirall o pujar a una bàscula. Si diu un nombre alt, és hora de començar la dieta menja menys. Alternativament, podeu anar a un metge i fer-vos mesurar la vostra biometria, buscant signes de prediabetis. Si hi ha signes de perill, l’acció que heu de fer segueix sent la mateixa, i potser reduir la ingesta de sucre en particular. O podeu fer-vos una prova genètica i mirar la vostra puntuació poligènica per a la diabetis tipus 2 (T2D). De fet, l’última és, amb diferència, la pitjor opció. Les puntuacions poligèniques actuals només tenen una validesa predictiva moderada, aquest estudi del 2022 de 36.000 persones es va trobar:
Les puntuacions poligèniques es van distribuir normalment (Figs S1-S3). El HR ajustat per edat per a la diabetis tipus 2 va ser d’1,42 (IC del 95% 1,38, 1,46; I2 = 93,2%; P <0,001) per 1 SD d'augment de la puntuació poligènica global (taula S3). En models totalment ajustats, la puntuació poligènica global es va associar amb un risc més elevat de diabetis tipus 2 amb un HR d'1,29 (IC del 95% 1,25, 1,33; I2 = 88,4%; P <0,001; per augment de SD; Fig 1).
No sembla que hagin informat de valors que es puguin convertir més fàcilment en mètriques familiars. HR = ràtio de perill, que és:
En l’anàlisi de supervivència, la relació de perill (HR) és la relació de les taxes de perill corresponents a les condicions caracteritzades per dos nivells diferents d’una variable de tractament d’interès. Per exemple, en un estudi clínic d’un fàrmac, la població tractada pot morir al doble de la taxa per unitat de temps de la població control. La ràtio de perill seria 2, cosa que indica un risc de mort més elevat pel tractament.
Així, si agafeu una persona i la passeu del risc genètic del centil 50 (mitjana) al centil 98 (+2 desviacions estàndard), el seu risc per temps de patir DT2 augmenta un 84% si no afegiu controls i un 58% si ho fas. No he pogut trobar cap manera de convertir-ho en una mètrica més regular, de fet, la majoria dels consells donats intentaven evitar-ho. (Sembla que el model en si hauria de poder obtenir algun tipus de pseudo-R2 o pseudo-R2 parcial per a la variable, però no ho van denunciar.) Sigui quin sigui l’estat actual de la tècnica, serà molt pitjor que anar al bany i mirar-se al mirall i preguntar-se “em veig gros?”. La prova d’un metge donarà informació més precisa, però, de totes maneres, quin sentit té això? Tothom sap que ser gras et genera diabetis, de manera que no necessites una prova mèdica o una prova genètica per dir-te això.
I sí, com que us preguntareu, el risc genètic tampoc va interactuar amb cap variable ambiental (o “ambiental”), només eren additius:
Com a tal, aquest estudi massiu s’uneix aproximadament a tots els altres estudis GxE publicats fins ara. Aquestes coses són una pèrdua de temps, si hi hagués efectes importants d’utilitat òbvia, ja els hauríem trobat.
Per descomptat, l’objectiu principal d’una peça com la Undark és trobar algunes persones preocupades o que ens avisin sobre això o allò:
Lewis va dir a Undark que li preocupa que les anàlisis enviïn els clients corrents als seus proveïdors d’atenció primària per demanar exàmens i proves innecessàries.
En un article de 2021, Brent Kious, professor ajudant de psiquiatria a la Universitat d’Utah, i els seus col·legues van advertir que les puntuacions poligèniques dels trets psiquiàtrics podrien ser fàcilment interpretades malament pel públic i podrien contribuir a l’autoestigma i l’ansietat nocius. Els investigadors van demanar a la FDA que prohibís específicament puntuacions poligèniques directes al consumidor per al risc de suïcidi, dient que no estava clar si hi havia cap acció beneficiosa que una persona amb un risc elevat pogués prendre que “compensaria els danys socials i psicològics de les mateixes proves”.
No obstant això, els investigadors solen tenir poca paraula sobre com s’utilitzen les seves dades un cop les publiquen. I per a Daphne Martschenko, professora ajudant d’ètica biomèdica a la Universitat de Stanford, alguns dels usos són preocupants. De particular preocupació, va dir, són les empreses que han començat a oferir puntuacions poligèniques com a part dels seus serveis de cribratge d’embrions per a pacients amb fecundació in vitro.
La resposta, per descomptat, és sempre més regulació-prohibició segons ho decideixin els experts (ells mateixos, és clar). I no us oblideu de més finançament per a la recerca.
El principal argument de venda de l’article és que l’autor va descobrir que impute.me també oferia prediccions d’intel·ligència semi-secretes, i el vostre realment havia escrit sobre això:
Les puntuacions d’intel·ligència que Folkersen va oferir de manera clandestina: en una pàgina oculta a la pàgina d’inici d’Impute.me però accessible amb un URL o un enllaç directe. Responent a Reddit després que un usuari semblava expressar la seva decepció per ser classificat en el percentil zero del tret, Folkersen va explicar la seva raó: “Aquesta és exactament la raó per la qual el mòdul d’intel·ligència no apareix a la llista”, va escriure. “La gent no pot manejar-ho si aconsegueix una puntuació baixa perquè d’alguna manera ho prenen més personalment que una prova de coeficient intel·lectual real. Estan equivocats”.
Folkersen va argumentar que una prova de coeficient intel·lectual és una predicció de la intel·ligència molt més precisa que una puntuació poligènica. De fet, molts científics han dit que les puntuacions poligèniques no estan equipades per predir resultats individuals per a trets com la intel·ligència. Les variants genètiques identificades en un gran 2018 GWAS per a la intel·ligènciapublicat a Nature Genetics, podria representar al voltant del 5 per cent de la variància observada a les poblacions estudiades d’ascendència europea, i part d’això pot reflectir factors que només estan indirectament relacionats amb la genètica.
Malgrat els esforços de Folkersen per mantenir-los discrets, les puntuacions d’intel·ligència d’Impute.me van cridar l’atenció als fòrums d’Internet i als taulers de missatges, de vegades proporcionant farratge per a les diatribes racistes. Emil Kirkegaard —un blogger de dretes que ha defensat les diferències intel·lectuals innates entre races— va descriure les puntuacions d’intel·ligència com les “parts sucoses” del lloc.
Per descomptat que són sucosos. Hi ha molt interès en conèixer la teva pròpia intel·ligència, d’aquí els milers de proves de coeficient intel·lectual en línia (la majoria són una merda, però alguns no). I ara que es poden fer prediccions moderadament precises basades en l’ADN, molta gent voldria saber on es troba. La majoria de la gent s’adona, per descomptat, que si voleu conèixer la vostra intel·ligència, hauríeu de fer proves (i només una vegada i no feu trampes, etc.). Mirar les vostres prediccions genètiques serà un mètode menys precís, però possiblement més divertit. Les puntuacions poligèniques actuals per a l’educació poden predir QI potser amb un 16% de la variància per als europeus, corresponent a una correlació d’uns ,40. Podeu pensar en això com la càrrega g de la puntuació poligènica. En altres paraules, és millor que fer una simple prova de temps de reacció (càrrega aproximadament 0,20) i molt pitjor que fer una prova de vocabulari o sèrie numèrica (carregant uns .80). Per tant, la puntuació poligènica estarà a l’alçada de fer alguna prova de memòria a curt termini mediocre que els agrada donar als neurocientífics a la gent.
Així, tot i que les puntuacions poligèniques no són molt útils a nivell individual, són força útils per comparar grups de persones o per seleccionar embrions. Quan feu FIV, teniu una elecció forçada. Heu de triar algun embrió. Sovint no hi ha cap raó particular per triar-ne un sobre un altre en funció del seu aspecte visual. Però les proves genètiques d’embrions són possibles i, en aquest cas, es pot triar l’embrió amb les millors probabilitats. I qui no ho faria? Amb l’estat de l’art, els resultats no seran sorprenents. No rebràs un Einstein cada vegada. Però augmentaràs les teves possibilitats. I quin pare no voldria disminuir les possibilitats de càncer del seu futur fill, encara que només sigui en un 15%? O augmentar les possibilitats d’obtenir un 1% d’ingressos superiors en un 15%? La utilitat de la selecció d’embrions només augmentarà a mesura que els models continuïn millorant en precisió. Penseu en el mal que eren les previsions meteorològiques abans:
El límit teòric per a la validesa predictiva de les puntuacions poligèniques és força elevat. Aquest valor és simplement l’arrel quadrada de l’heretabilitat (que és la correlació entre el potencial genètic i el seu fenotip). En cas de diabetis tipus 2, aquesta metaanàlisi de 2023 d’estudis de bessons troba una millor estimació del 72%. En altres paraules, la correlació entre una puntuació poligènica perfecta (verdadera) i el vostre risc real és r = .85. Això és molt millor del que pot oferir la visita del metge, suposo. Si els vostres pares s’assabenten que sou un 95% de centil en aquest predictor, segurament seria prudent esforçar-vos molt per evitar que la diabetis causin factors modificables. Pel que fa a les malalties humanes, podríem disminuir radicalment la seva prevalença (per a grups d’edat específics) si apliquéssim una selecció genètica rigorosa durant unes quantes generacions amb models genètics decents. A què estem esperant? Aquestes peces negatives no ajuden, tret que el seu pessimisme inspiri a la gent a fer-ho millor.
English 
Español de Venezuela 